形式化开发多序列比对算法

书名：形式化开发多序列比对算法
作者：石海鹤，张旭初著
ISBN：978-7-5762-0520-6
出版社：江西高校出版社
出版日期：2020.12
本研究以形式化方法PAR为基础，综合运用抽象、演绎、泛型等相关方法和机制，探索面向效率的算法演算法则/策略。通过对多序列比对算法族的研究，发现多序列比对算法领域（Domain of Multiple Sequence Alignment Algorithm, MSAA）包含双序列比对算法、启发式多序列比对算法、系统发生树生成算法以及目标函数。根据产生式编程的思想，对MSAA进行领域特征建模和算法构件的交互设计，借助PAR的支持建立MSAA构件库，装配形成基于系统发生树的渐进式比对算法，并进行相关实验，验证该方法学的可行性和优越性。最后得出结论：根据构件组装的形式装配形成算法，能大大提高算法的开发效率、可靠性及可维护性。